Pouze v případě komplikovaného průběhu, eventuálně rezistentních kapavek a u osob nezaručujících dodržení léčebného režimu s možností infikování dalších osob se léčí za pobytu v nemocnici.

Volba vhodného antibiotika či chemoterapeutika záleží na mnoha faktorech: na citlivosti na dané antibiotikum, na místu výskytu infekce, komplikovaného průběhu kapavky, těhotenství, alergii, současné možné infekci s jinými pohlavně přenosnými chorobami, z nichž některé mohou též způsobovat záněty močopohlavního ústrojí (nejčastěji chlamydiové a mykoplazmatické infekce) apod.

Léky lze aplikovat ústy nebo injekčně. Doba léčby trvá od možnosti jednorázové aplikace až po několik dnů. Současně je nutný též celkový léčebný režim – pohlavní abstinence, omezení fyzické námahy, nedráždivá dieta bez alkoholu.

Úspěšnost léčby se kontroluje povinným vyšetřením, tzn. třemi kontrolními bakteriologickými vyšetřeními. První z nich se provádí za 24 až 48 hodin po léčbě, další dvě pak v týdenních intervalech, u netěhotných žen jednou při menses. Z možné současné nákazy příjicí a virem HIV se provádí preventivní odběr krve na příjici a doporučuje vyšetření na HIV protilátky. Toto vyšetření protilátek se provádí před léčbou kapavky a za čtyři měsíce po ukončené léčbě. Dobu zákazu pohlavního styku určí lékař na základě zjištění neinfekčnosti a vyloučením jiných sexuálně přenosných onemocnění. Je třeba dodat, že kapavka je díky moderním lékům vždy léčitelná a vyléčitelná a uvedené komplikace nejsou příliš časté – a také, že nejlepší prevencí je opatrnost a partnerská věrnost.